Трипановый синий является одним из наиболее часто используемых красителей для определения количества жизнеспособных клеток. Метод окрашивания трипановым синим основан на том, что жизнеспособные клетки с целостной клеточной мембраной не поглощают данный краситель. Нежизнеспособные клетки с повреждённой мембраной поглощают трипановый синий и их ядра окрашиваются в тёмный цвет. Также окрашивание трипановым синим облегчает визуализацию морфологии клеток.